Het verdrag van Nice en het Charter over de fundamentele rechten verbieden negatieve discriminatie op grond van politieke overtuiging, geslacht of godsdienst (artikel 13 VEG en artikel 21 van het Handvest).
De uitzondering is een speciale EU-richtlijn die discriminatie op grond van geslacht toestaat als een kerk een priester aanstelt (zie richtlijn 2000/78/Eg van 27 november 2000).
Het is de taak van het EU Hof in Luxemburg de grenzen van illegale discriminatie vast te stellen en te bepalen wat door godsdienstige of theologische overtuiging kan worden gerechtvaardigd. Daardoor rijzen problemen als het recht van een school van een bepaalde godsdienst om een leerkracht te ontslaan die zich tot een andere godsdienst bekeert.
Daardoor rijzen ook vragen zoals de volgende:
De toekomst
Voorgesteld werd dat godsdienst in de grondwet als één van de waarden van de Unie wordt opgenomen. Dat voorstel werd door het Praesidium echter verworpen. In het Ontwerp van grondwet werd in de preambule een zin over het religieuze erfgoed van de Unie opgenomen en in I-51 wordt aangedrongen op een dialoog met de verschillende kerken waardoor die hun status wordt toegekend.